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# 原理 # 基本原理 GST Pull-Down 作为体外水平检测蛋白间直接互做的行之有效的方法，可用于证实预测的蛋白质 - 蛋白质相互作用的存在，也可用作未知的蛋白质 - 蛋白质相互作用的初始筛选测定法。是 CoIP 实验的辅助佐证。 GST Pull-Down 实验基于 GST （glutathione-S-transferase），即谷胱甘肽 - S - 转移酶蛋白，可以与谷胱甘肽（Glutathione，GSH）结合。将 GSH 固定于琼脂糖珠上，形成 GSH - 琼脂糖珠，将已知蛋白 a 与 GST 融合表达，获得的 GST-a 可与 GSH - 琼脂糖珠结合，若环境中存在与 a...
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# 原理 免疫荧光技术是根据抗原抗体反应的原理，先将已知的抗原或抗体标记上荧光素，制成荧光抗体，再用这种荧光抗体（或抗原）作为探针检测组织或细胞内的相应抗原（或抗体）。在组织或细胞内形成的抗原抗体复合物上含有标记的荧光素，利用荧光显微镜观察标本，荧光素受外来激发光的照射而发生明亮的荧光（黄绿色或橘红色），可以看见荧光所在的组织细胞，从而确定抗原或抗体的性质、定位，以及利用定量技术测定含量。 # 操作 制作爬片：对单层生长细胞，在传代培养时，将细胞接种到预先放置有处理过的盖玻片的培养皿中，待细胞接近长成单层后取出盖玻片， PBS 洗两次；对悬浮生长细胞，取对数生长细胞，用 PBS 离心洗涤（...
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# 什么是 Zotero Zotero 是 “罗伊茨历史与新媒体中心” 开发的一款知识管理软件。它的管理能力不仅仅是对于文献，而是涉及书籍、专利、百科以及新闻。 相比其他的文献管理软件，它的优势在于： 开源：丰富的第三方插件拓展功能 免费 支持同步：支持官方以及第三方 webDav [1] 同步方式 强大的文献导入浏览器插件 # Zotero 的安装 登入 官网 Zotero 官网 点击 Download 跳转到下载页面： 在这里选择适配你的系统的安装包下载即可（左边），下载完后打开安装包进行安装。 安装好以后，打开软件，即为属于你的文献库 这是涵的文献库 顺便把...
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很明显仅仅将辛苦整理好的文献库保存在本地并不是很保险的事情（点名批评 ENDNOTE），因此 Zotero 能够支持文献同步。无论用哪种同步方式，在官网中注册[1]一个账号都是必要的步骤。 注册界面 # 官方的文献同步服务 Zotero 主界面 → 左上角的 编辑 (快捷键 Alt+E ) → 首选项 打开后点击 同步 登陆你注册的账号关联即可 在 文件同步 栏中，选择使用 Zotero 同步，即为官方的同步方式 官方同步方式免费版只有 300m 空间，付费版[2]性价比很低，个人不推荐使用。 # 依托坚果云 Webdav 服务进行同步 注册[3]一个坚果云账号 在 首选项 的...
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Zotero 有多种手段可以导入文献。本篇将介绍如何文献并导入 Zotero 的推荐方式。 # 通过 Zetro Connector 接 上篇 ， Zetro Connector 会在具体的文章页面嗅探到文章。 # 单个文章的导入 这个就是插件图表，嗅探到了页面[1]上单个论文的存在。 以 PubMed 为例，点击 Zotero Connector 插件，即可选择保存的分类、添加标签，点击完成即可导入成功。 # 多个文章的导入 这个图标表示插件嗅探到了页面[2]上多个论文的存在。 点开它，他会显示这个页面上的所有文章，选中导入即可。 # 通过 RSS...
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Zotero 作为一款开源软件，有不少第三方作者开发的插件[1]，极大的拓展了 Zotero 的可用性。 # 插件的安装和启用 前提：插件的后缀名为 .xpi 。Zotero 只能够识别这个插件后缀名 管理界面：Zotero 主界面 → 工具 （快捷键 Alt+T ） → 插件 ，即可进入插件管理界面 涵的插件管理界面，其实也没有安装多少插件 插件的安装 点击右上角的 齿轮 点击 Install Add-on From file... 在弹出的文件浏览界面选中你要安装的插件文件即可。安装后在安装的插件栏目点击 Enable 按钮启动插件（会出现在上图的 Disable 处） #...
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# 蛋白的研究路径 TF → 已知 DNA 结合 motif → 荧光素报告基因、ChIP 非 TF → 找蛋白 - 蛋白互作 其他的蛋白结合对象 # 蛋白 - 蛋白实验手段 # 质谱 查蛋白身份证 # co-IP 材料 ProteinA、G → 磁珠、琼脂糖珠（ beads ） WB 相关材料 目标蛋白抗体 …… 目的 纯化蛋白 研究互作 研究修饰 可靠性 正反拉 阴性对照 只加珠子不加抗体 IgG 替换抗体 阳性对照 IP 抗 A 拉 A， WB 抗 A 检 A 看图 Input - 沉淀完的蛋白样品 IP - 沉淀靶蛋白的抗体 IB -...
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# DNA 甲基化 过程：是在 DNA 甲基转移酶的作用下将甲基选择性地添加到胞嘧啶上的过程，变成 5 - 甲基胞嘧啶（甲基加在 5 号碳原子上，真核生物只有这种甲基化修饰形式）。 # 功能：调控基因表达，尤其在胚胎发育中甲基化控制着时序性表达的基因（时序性表达即在特定时间阶段表达）。 # 一些概念 # Cpg 岛 CpG 岛（ CpG island ）是个术语，是 DNA 发生甲基化的位置，指富含 CG 序列的区域。正常情况下，散在的 CpG 是被甲基修饰的，属于沉默状态。在编码基因的启动子或者其他转录调控区域中，CpG 容易成簇，形成 CpG island 。 CpG 岛跟散在的 CpG...
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# 一些概念 # 剪接 去除内含子将外显子连接起来成为成熟 mRNA 的过程称为剪接（ splicing ） # 剪接异构体 同一个前体 mRNA 通过不同的剪接方式产生不同的 mRNA 剪接异构体（ transcript variant ） # 转录本亚型 这种同一个基因翻译出来的亲兄弟，也被称为不同的转录本亚型（ isoform ） # 可变剪接的查询 NCBI UCSC ensembl # 基因选择 最好的数量是 2 个或者 3 个已知转录本 不同转录本编码同样的蛋白，但是 mRNA...
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# lncRNA 核心思想：lncRNA 的研究思路其实跟原来做蛋白是一样的，蛋白能干的事、能介导的功能、能产生的分子机制， lncRNA 一样都能参与其中。 # 调控类型 转录环节的调控 DNA 甲基化 招募蛋白 抑制蛋白 不依赖蛋白的转录抑制 抑制转录复合物和 RNA 酶 染色质的修饰 转录后的调控 通过结合 mRNA 影响可变剪切 影响 mRNA 的出核转运 调控 mRNA 的稳定性 结合特定蛋白靶向 mRNA 翻译后的调控 各种翻译后修饰 调节蛋白的细胞定位 # 四种模型 Signal lncRNA 特有的跟蛋白不一样的作用形式 顺式调控（...